液相色譜流動相一般貯存于玻璃、聚四氟乙烯或不銹鋼容器內，不能貯存在塑料容器中。因為許多有機溶劑如甲醇、乙酸等可浸出塑料中的增塑劑，導致溶劑被污染。被污染的溶劑如用于液相色譜儀系統，可能造成柱效降低。貯存容器一定要蓋嚴，防止溶劑揮發引起組成的變化，同時防止空氣中的氧和二氧化碳溶入流動相中。
磷酸鹽、乙酸鹽緩沖液極易長霉，應盡量新鮮配制使用。如需貯存，可至于冰箱內冷藏，并且一般不要超過3天。鹵代溶劑中可能含有微量的酸性雜質，能與液相色譜儀系統中的不銹鋼反應。鹵代溶劑與水的混合物比較容易分解，不能存放太久。鹵代溶劑混合后，可能會反應生成一些對不銹鋼有較大腐蝕性的化合物。因此，盡量不采用鹵代溶劑的混合流動相，或者使用之前新鮮配制。此外，鹵代溶劑與一些反應性有機溶劑（如乙腈）混合靜置時，液相色譜儀還可能產生結晶。貯液器是裝預混合流動相或流動相組分的容器，構造相對簡單，但用于不合適的貯液器也可能帶來問題。貯液器被污染了可能阻塞燒結不銹鋼過濾片，影響液相色譜儀泵性能，在色譜圖種出現多余的峰或者產生噪聲。貯液器的容積一般為1L，有的貯液器僅能用于沖氦氣，而不能用于真空脫氣，因為有破裂的危險。用于真空脫氣的貯液器要加厚或者加外套。自備的貯液器要松松地蓋上蓋子，以擋灰塵。蓋得太緊會形成部分真空，使泵停止運轉。
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